Identifizierung von Mikroorganismen
Vergleich verschiedener Ansätze zur Datenanalyse bei der molekularbiologischen Identifizierung von Mikroorganismen
Die Genauigkeit und damit die Qualität der mikrobiellen Identifizierung hängen ab von 1) der Relevanz der Datenbank, ihrem Umfang und ihrer Validität 2) der qualitativen Bewertung der generierten Daten, 3) der Datenassemblierung (data assembly) und der daraus resultierenden phylogenetischen Distanz, sowie 4) der Interpretation der Identifizierungsergebnisse.
Die bei Accugenix verwendete, semi-automatische Methode zur Datenanalyse kann direkt auf die Methoden, wie sie von Taxonomen benutzt werden, zurückgeführt werden. Der Prozess umfasst eine automatische Datenassemblierung, deren manuelle Überprüfung und die Korrektur falscher Basenzuordnungen (base call errors). Im Gegensatz zur voll-automatisierten Datenanalyse des MicroSEQ® v2.0 Systems resultiert dieser Ansatz in einer Genauigkeit von 98% und führt zu einer sechsfach höheren Reproduzierbarkeit der Ergebnisse.
